Die Geschichte des christlichen Glaubens in Ilanz begann bereits früh. Um das Jahr 400 begann in Rätien der lange Prozess der Christianisierung. Der neue Glaube muss in der Gruob früh Fuss gefasst haben, denn bereits im Testament des Bischofs Tello um das Jahr 765 wird eine Marienkapelle in Ilanz erwähnt. Im karolingischen Urbar wird diese Angabe 831 präzisiert, als eine Kapelle der Heiligen Maria und der Heiligen Margarete.
Als um 1280 unter dem Einfluss Venedigs und der Hanse der Fernhandel zunimmt, profitiert Ilanz durch seine ideale Lage und den Bau einer Rheinbrücke. Die damit einhergehende rege Bautätigkeit in der Ansiedlung schliesst auch die Kirche als ein Zentrum der Begegnung mit ein. Die Kapelle wird 1288 zu einer Kirche ausgebaut und zur St. Margarethenkirche umbenannt. Ein Jahr später erhält Ilanz das Stadtrecht.
1483 wird der alte Wehrturm von Ilanz durch die Kirchgemeinde gekauft und in einen Glockenturm umfunktioniert. Beim grossen Stadtbrand im März desselben Jahres wird die Kirche jedoch ein Raub der Flammen.
Die Kirche wird bis 1518 neu aufgebaut. Noch während sie den ihr charakteristischen liebevollen Bemalungen mit gotischen Ranken und Renaissancemotiven ausgestattet wird, regt sich bereits der Unmut gegen die kirchliche Herrschaft im Volk. Die Kritik an den Missständen, der lateinischen Sprache und den hohen Abgaben führt 1526 zu den Ilanzer Religionsgesprächen in der St. Margarethenkirche.
Die Grundlage sind 18 evangeliumsgemässe Thesen des Bündner Reformators Johannes Comander. Die Diskussion um die richtige Kirchenstruktur und den richtigen Glauben wird auch in der Bevölkerung hitzig geführt und verursacht manche Spaltung. Als sich die Mehrheit der Ilanzer Bevölkerung schliesslich für die Reformation entscheidet, haben die Katholiken, die nicht zum Protestantismus übertreten wollten, die Stadt verlassen. Die durch Reformation und katholische Gegenreformation verursachten Zerwürfnisse sollten noch bis ins frühe 20. Jahrhundert nachwirken.
Noch bis weit ins 19. Jahrhundert lebten in Ilanz ausschliesslich Protestanten. Erst das wirtschaftliche Wachstum führte zu einer Zuwanderung katholischer Arbeiter und Unternehmer und zu einer allmählichen Aufweichung der konfessionellen Fronten. Ab 1960 war gar eine konfessionell gemischte Ehe wieder denkbar.
Heute hat die Stadt Ilanz ca. 2’500 Einwohner, davon sind ca. 600 reformiert. Die konfessionelle Spaltung ist heute glücklicherweise Geschichte. Die Ökumene ist nicht zuletzt aufgrund der vielen konfessionell gemischten Paare ein beidseitiges Anliegen.